柱状活性炭的吸附能力与水温和水质有一定关系。水温越高，活性炭的吸附能力越强。如果水温高于30°C，则吸附能力达到极限，并可能逐渐降低。当水质为酸性时，活性炭对阴离子物质的吸附能力相对较弱。当水质为碱性时，活性炭对阳离子物质的吸附能力减弱。水的不稳定pH值也会影响活性炭的吸附能力。
柱状活性炭的吸附能力与水的接触时间成正比。接触时间越长，过滤水的质量越好。过滤后的水应缓慢流出过滤层。使用前，应将新的活性炭清洗干净，否则黑水将流出。在将活性炭放入过滤器之前，应在过滤器的底部和顶部撒一块2至3厘米厚的海绵，以防止藻类等大颗粒进入使用活性炭2至3个月后 ，如果过滤效果降低，则应将其更换。应定期更换新的活性炭和海绵层。
在颗粒的表面上形成平衡的表面浓度层，然后有机杂质被吸附到活性炭颗粒中。初始吸附效果非常高。但是随着时间的流逝，活性炭的吸附能力会不同程度地减弱，吸附效果也会降低。如果水族馆中的水浑浊且有机物含量高，则活性炭将迅速失去其过滤功能。因此，应定期清洁或更换活性炭。
柱状活性炭颗粒的尺寸也影响吸附能力。一般来说，活性炭颗粒越小，过滤面积越大。粉末状活性炭具有大的总面积和很好的吸附效果，但是粉末状活性炭很容易与水一起流入水族箱，难以控制并且很少使用。颗粒状的活性炭由于颗粒的形成而不容易流动，并且水中的诸如有机物的杂质不容易在活性炭过滤层中被阻挡。它具有很强的吸附能力，易于携带和更换。
